1871年生于天津，又名琴湘。少读私塾，18岁入县学。1900年庚子事变后，先后在乔氏蒙养学堂、民立第一小学及师范讲习所做教员，1903年去日本，入弘文学院师范科。回国后在直隶省学务处服务。1908年，李金藻奉派参加在美国召开的万国渔业会，并随行考察教育。1910年受南洋劝业会之邀应聘专门研究员，游历汉、沪、苏、杭等地调查学务。1912年任直隶署教育科主任。1917年再赴日本考察，回国后在直隶社会教育办事处任职。
　　
　　1919年，李金藻奉派接管德华学校，改名为大营门中学(原中西学堂旧址)，他出任校长。1920年，他应聘为扶轮中学教育会顾问；1926年出任河北省教育厅秘书及广智馆馆长。后任省政府秘书、河北省第一图书馆馆长、天津教育局局长、省教育厅厅长等职。
　　
　　李金藻晚年致力于社会教育，尤其对戏曲改良建树很多，著有《诗缘》、《重阳诗史》等。